In der direkten Nachkriegszeit blieb Hoheneck zunächst ein Jugendgefängnis, auch weil nach der bedingungslosen Kapitulation die Jugendkriminalität spürbar angestiegen war. Nichtsdestotrotz oder gerade deswegen hatten die sowjetischen Besatzer die Entlassung aller Jugendlichen aus Hoheneck beschlossen, sofern deren Straftat vor dem 8. Mai 1945 lag. Diejenigen, die nach dem 8. Mai straffällig wurden, wurden verlegt. Anschließend waren sowohl Jugendliche als auch erwachsene Frauen und Männer inhaftiert, die von deutschen Gerichten nach dem Kontrollratsgesetz Nr. 10 von 1945 und der Kontrollratsdirektive Nr. 38 von 1946 verurteilt worden sind. Im Juni 1947 wurde Hoheneck schließlich zum reinen Jugendgefängnis erklärt.

Im August 1947 erließ die Sowjetische Militäradministration in Deutschland (SMAD) den folgenschweren Befehl 201 zur Entnazifizierung der Sowjetischen Besatzungszone. Es war politischem Taktieren geschuldet, dass die „201er“ geschlossen untergebracht werden sollten, u.a. in Hoheneck. Erneut wurde die Strafvollzugsanstalt geräumt. Von den 609 Strafgefangenen wurden zunächst die Häftlinge, die älter als 21 Jahre alt waren, verlegt, danach die Jugendlichen. Mit der Umwidmung Hohenecks zur Haftanstalt für Verurteilte nach SMAD-Befehl 201 stieg die Belegungsquote rapide an. Zeitweise beherbergte Hoheneck gar 1.200 Strafgefangene, bei einer festgesetzten Maximalbelegung von 700 Insassen.